1.便是蛋白肽链中残基的顺序排列，同样是蛋白质含量最基本结构。是由遗传基因上遗传密码的顺序排列来决定的。各种各样氨基酸按遗传密码顺序，根据肽链相互连接，变成肽链，故肽键是蛋白质的功能里的主键。
2.一条肽链的一侧含有一种游离子的氨基，另一边含有一种游离的羧基。所以，一般肽链中形成的肽键数比氨基酸分子数少一个。
3.高温、强碱及强酸不容易使蛋白的肽链破裂，仅仅破坏氢键、离子键、疏水作用等相互作用力，破坏蛋白的高级构造，其实就是空间结构。但是变性条件下的蛋白仍保持完整，肽键不会断裂。
4.只有肽酶才能让所有肽键断裂。蛋白酶对自己所作用反应底物有严格可选择性，一类酶只可应用于蛋白质分子中一定的肽键，而不能作用与所有的肽键，所以水解的结果是形成多个短肽。
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